Нападение Германии на Советский Союз 22 июня 1941, изменившее весь ход Второй мировой войны, ознаменовало собой начало планомерного и последовательного истребления еврейского народа. Народное бедствие побудило евреев Советского Союза к активной национальной деятельности. Нацистские зверства, волны спасшихся от них беженцев и кошмар нависшей угрозы от продвижения гитлеровцев привели к огромным переменам в жизни евреев СССР. В беспримерном масштабе началось рассеяние евреев по всей стране. Многие тысячи спасавшихся от нацистского нашествия и те, кто был эвакуирован вместе с разными советскими учреждениями, оказались в самых отдаленных районах Сибири, Казахстана и Средней Азии.
Во время войны возникло новое представительство советских евреев. 24 августа 1941 в Советском Союзе была созвана Первая публичная Конференция представителей еврейского народа, на которой была обрисована жестокая война нацистов против него и был опубликован призыв к евреям всего мира принять деятельнейшее участие в борьбе с Гитлером.
Идея создания еврейского представительства принадлежала, очевидно, двум лидерам польского «Бунда» Альтеру и Эрлиху, бежавшим в СССР после вторжения Гитлера в Польшу и сейчас же арестованным советскими властями. После нападения Германии на СССР они предложили в октябре 1941 сформировать еврейский комитет, в котором бы участвовали представители евреев СССР, США и Англии. Переговоры с некоторыми правительственными органами закончились тем, что Альтер и Эрлих были вновь арестованы, обвинены в шпионаже и расстреляны в конце того же года. Все же мысль о еврейском представительстве не была оставлена. 7 апреля 1942 в советской печати было опубликовано сообщение об учреждении Еврейского антифашистского комитета, организации, в состав которой входили только представители еврейской интеллигенции в Советском Союзе. Этот комитет обратился с воззванием к евреям всех стран мира. Во главе его стоял известный режиссер и актер С. Михоэлс, руководитель еврейского Государственного Театра. Главной задачей Еврейского антифашистского комитета была организация помощи со стороны зарубежных евреев СССР в его борьбе с нацистами; однако в силу самого факта его существования он стал также органом еврейской общественной деятельности внутри страны. Комитет издавал газету на идише «Эйникайт», выходившую три раза в неделю. Вокруг неё сплотились еврейские писатели СССР, и на столбцах её отмечалось активное участие евреев в борьбе с Гитлером и достижения многих из них на фронте и в тылу. К Еврейскому антифашистскому комитету обращались все, кто был заинтересован в жизненных вопросах еврейского народа.
Кроме того, Еврейский антифашистский комитет занялся сбором свидетельств об уничтожении евреев нацистами, а также о «ненормальном отношении к евреям», или, проще говоря, о проявлениях антисемитизма со стороны населения. Они были достаточно многочисленными. Традиционный антисемитизм был по-прежнему силен на Украине и в некоторых западных районах СССР, в частности, в бывшей «черте оседлости» Российской империи, где евреи, по разрешению царской власти, имели право на проживание. Первые поражения Красной Армии во Второй мировой войне продемонстрировали размах антисемитизма в народной среде. Как указывалось в некоторых отчетах НКВД «О состоянии умов в тылу», широкие слои населения легко поддались нацистской пропаганде, согласно которой немцы вели войну не с русскими, я с евреями и коммунистами. В районах, занятых немцами, особенно на Украине, уничтожение евреев с ведома и на глазах населения не вызывало, кажется, большого возмущения. Немцы сумели завербовать себе в помощь 80 000 украинцев, некоторые из которых принимали участие в уничтожении евреев. Чтобы противостоять нацистской пропаганде и мобилизовать «единый советский народ» на борьбу с врагом, большевистские идеологи с самого начала отказывались признать, что Холокост имел весьма специфический характер. На этой почве развился антисионизм, затем перешедший в официальный антисемитизм. В августе 1942 Отдел агитации и пропаганды ЦК распространил для внутреннего пользования записку «О преобладании евреев в артистических, литературных и журналистских кругах».
К неудовольствию Сталина, ЕАК под напором разбуженного кровавой войной и Холокостом еврейского самосознания стал из «ручной» пропагандистской организации спонтанно превращаться в орган еврейской культурно-национальной автономии. Кульминацией такого развития явилась попытка лидеровЕАК возродить проект создания еврейской республики на территории Крыма. В начале 1944 г. они направили соответствующее письмо Сталину. Но эта инициатива была отвергнута, причем на это и другие проявления «буржуазного национализма» власти реагировали на первых порах сдержанно, используя для «вразумления» Михоэлса и других руководителей ЕАК преимущественно административно-бюрократические меры, словесные угрозы и уговоры.